妙清山清運寺は応長（１３１１年）の昔、加賀美遠光の曾孫　秋山与市郎隆晴が屋敷内に堂宇を建立し立像釈迦を安置することに始まる。時を経て隆晴の末孫　秋山孫四郎晴朝　深く法華経を信仰し　時の身延山第十一世日朝上人に師事し出家得度して　宝琳院日賀を賜わり　明応九年（１５００年）四月二十八日当山を創立された。

また当山には清正公・日朝上人・お産稲荷・三十番神が祀られ、特に清正公はせいしょこさんとして長く親しまれています。